[Dron AKA andy]

К своему стыду, не могу ничего сказать про связь фактур с накладными расходами "по жизни". А из запроса и свойств входящих в него таблиц неочевидно, например, что запись в табл. накладных расходов будет связана только с одной строкой конкретного счета-фактуры.
Я про вот эту связку:

where factureTrans.MarkupRefRecId        == markupTrans.RecId
       && factureTrans.Module == module
       && factureTrans.FactureLineType       == FactureLineType_RU::Markup

Связь в ней "один ко многим".