Что касается "нормализованных" деревьев (вообще-то, этот термин используется для других целей): сомневаюсь, что оно действительно Вам поможет. Что касается технологии: про R-деревья книжки написаны, так что проблемы и подходы к их решению известны. Вы рассматриваете этот вопрос с точки зрения психологии пользователей. Мне кажется, здесь все-таки ситуация тяжелее. И "ненормализованное дерево" может оказаться приемлемым (как вариант, на AxForum'е изначально были разделы Axapta и Navision, в каждом из которых были подразделы Функционал, Программирование и Прочее, но никто не жаловался
). С другой стороны, не факт, что при "нормализации" дерева Вы получите приемлемый для всех пользователей результат.