Это разовая багофича, возникшая при переходе.
Связанная с тем, что сменился механизм пометки прочитанных сообщений.
Сейчас некоторые сообщения отмечаются по-новому, некоторые по старому.
Либо пройдет само через 7 дней (это значение параметра по умолчанию), когда движок перейдет полностью на новый механизм.
Либо нажмите на ссылку
Отметить все сообщения прочитанными на главной странице. Так вы принудительно переведете все свои пометки на новых механизм.
Если ситуация с неправильными пометками останется через неделю - будем лечить форум.