Я думаю, можно использовать одну карточку товара, а для отделения товаров от материалов использовать разные склады. Соотственно, при преобразовании товар->материал формировать операцию перемещения между складами. Если учет настроен по складам, то проблем с себестоимостью быть не должно.
ЗЫ:Sancho, опередил