Это стандартный механизм коррекции себестоимости. Здесь есть пример
Округления при коррекции себестоимости
Если изучите код то поймете что система рассчитывает расходные операции округляя каждую из них, в итоге сумма по округленным операциям расхода может быть меньше (больше) приходной. Код построен таким образом что более удобно округлить на разницу именно операцию прихода. С этим можно бороться только переписав само задание коррекции.