Я ставлю по полной, когда что то проверяю (т.е. uninstall / install).
Если по NAV 2015 инструкцию смотреть, то там пишут про такой путь как один из возможных... (в NAV 2013 инструкции дейсвительно вроде нет такого)
How to Install a Microsoft Dynamics NAV 2015 Cumulative Update
https://mbs2.microsoft.com/Knowledge...,en-us,3021418
...
The Microsoft Dynamics NAV platform can be installed by the following methods:
•Use the installation program◦Un-install current client or server
◦Open the DVD folder and run the setup.exe
◦Connect to the database
•Manually patch the Microsoft Dynamics NAV platform◦See the Manual Patching Process section
•Use the ClickOnceInstaller (Web Client and Windows Client only)◦For more information, see Deploying Microsoft Dynamics NAV Using ClickOnce