Это кто вам уже сказал-что так нужно будет? Вообще то это всегда так нужно было-просто никто этим не пользуется и никто платеж.документ в счет-фактуре не печатает. Очень это нереально-сделать.
И от того-что все на отгрузку переходят ничего не меняется. Сейчас большинство предприятий и так на отгрузке и из тех кого я знаю-никто не печатает. Поэтому и не переживайте-тем более наверняка счет-фактура поменяется.
