[komar]

Ну, давай разберем по пунктам.
Начнем с администрирования.

Первое, что приходит в голову:

Разделение таблиц между компаниями - в Аксапте - возможны комбинации, в Навижн - только 2 опции - "общая для всех" и "у каждого своя"
Разделение доступа по записям в Навижне декларируется (для опции SQL), но не очень-то работает, в Аксапте - работает.
Доступ к таблице на поле - в Аксапте есть, в Аттейне нету.
В Акзапте - есть табличные коллекции, в Аттейне - нету
В Акзапте - есть разграничение доступа по доменам, в Аттейне - нету.
В Акзапте механизм конфигурационных (или функциональных) ключей серьезно упрощает любую настройку доступа.
В Акзапте - трехзвенка, двухзвенка, WEB-клиент или терминал, в Аттейне - только двухзвенка, WEB-клиент или терминал.
Возможности Аттейна при количестве более 100 сомнительны, а при количестве пользователей более 500 - официально считаются невозможными. Про Акзапту - данные известны.
Ограничения собственной БД Аттейна - 64 Гб, на SQL - производительность ниже, чем на своей БД. Акзапта "своей" БД не имеет, так что сравнивать не с чем (разве что с Ораклом или SQL).
Акзапта - пашет на Оракле, Аттейн - нет.

Все это серьезный вопрос, собенно, если внедряем в крупном холдинге.