А я как всегда в опозиции.
Путь наименьшего сопротивления - это все же стандартный мастер импорта или не менее стандартный Data Migration Manager. Я организации и контакты грузил мастером. Сложности есть, но они преодолимы.
Сперва грузим в систему организации. Потом вытаскиваем из базы сочетание "имя организации" (или любое другое уникальное поле)+ "id". Потом средствами Excel в файле с Контактами делаем сопоставление контактов с id их организаций. И наконец грузим сами контакты. На все про все я потратил около часа.
Data Migration Manager в 4.0 тоже вполне вменяемый. С ним можно за 10 минут уложиться.