Спасибо за ответ!
Но я вроде бы решил проблему.
Дело в том, что при создании корреспонденции в случае, если внутри одной транзакции есть несколько документов, то Navision не совсем правильно проставляет номер и дату документа

точнее совсем неправильно. В результате Навигатор не находит операций по номеру документа, под которым эта операция проходит в Фин. книге операций.